La Casa de El Capitán fue construida por la familia Alfonso y habitada por la misma hasta finales del siglo XIX. Su nombre se debe a cargo del capitán de milicias de uno de sus moradores, Don Miguel
Alfonso Martínez, que también fue alcalde del municipio en varias ocasiones.
Se trata de una vivienda tradicional de arquitectura canaria y típica de las familias adineradas de esta zona de la isla. Cuenta con una planta principal en torno a un patio por donde se accede a las habitaciones, un granero en la parte alta, un cuarto para los aperos y un semisótano con bodega. Los materiales utilizados para su construcción se obtuvieron en la zona: madera de tea, muros de mampuesto, losa chasnera y teja árabe. Su cubierta es a cuatro aguas y dispone de un amplio balcón exterior.
En 1978, un incendio la destruyó casi por completo y en 1998 fue adquirida por el ayuntamiento que la restauró en el año 2005 y la convirtió en museo. Hoy en día cumple una función importantísima de conservación y difusión del patrimonio. Entre sus salas destaca la exposición de alfarería tradicional de San Miguel de Abona.